Fue la primera misión española establecida a lo largo del río San Antonio, fundada por Fray Antonio de Olivares y los indios Papayas el 1 de mayo de 1718. Junto con el Presidio de San Antonio de Béjar y la Acequia Madre de Valero, constituyen el origen de la actual ciudad de San Antonio en Texas .
Esta fortaleza consistía en una iglesia cercada por otras estructuras, construidas por los españoles en el siglo XVIII para la asimilación religiosa y cultural de nativos indígenas de la región. En 1793, la misión fue secularizada y muy pronto abandonada. Diez años después se convirtió en una fortaleza de un grupo del Ejército Mexicano, la Segunda Compañía Móvil de San Carlos de Parras, la cual probablemente fue quien dio a la misión el nombre "El Álamo".
Es más conocida por la batalla de El Álamo, que fue un conflicto militar crucial en la Revolución de Texas que consistió en un asedio de 13 días de duración, desde su inicio el 23 de febrero hasta el asalto final del 6 de marzo de 1836. Enfrentó al ejército de México, encabezado por el presidente Antonio López de Santa Anna, contra una milicia de secesionistas texanos, en su mayoría colonos estadounidenses , en San Antonio de Béxar, en la entonces provincia mexicana de Coahuila y Texas.Todos los beligerantes en favor de la República de Texas murieron, a excepción de dos personas, lo cual inspiró a muchos colonos texanos —y aventureros estadounidenses— a unirse al ejército de Texas.
